Η ιπτακοπάνη είναι ένας αναστολέας του εγγύς συμπληρώματος που στοχεύει στον Παράγοντα Β (FB) με σκοπό την εκλεκτική αναστολή του εναλλακτικού μονοπατιού. Στην ΠΝΑ, η αναστολή του FB στο εναλλακτικό μονοπάτι του καταρράκτη του συμπληρώματος εμποδίζει την ενεργοποίηση της C3 κονβερτάσης και τον επακόλουθο σχηματισμό της C5 κονβερτάσης για τον έλεγχο τόσο της μεσολαβούμενης από το C3 εξωαγγειακής αιμόλυσης (EVH) όσο και της μεσολαβούμενης από το τελικό συμπλήρωμα ενδαγγειακής αιμόλυσης (IVH). Στην C3G, η υπερενεργοποίηση της εναλλακτικής οδού του συμπληρώματος οδηγεί σε εναπόθεση του C3 μέσα στα σπειράματα, προκαλώντας φλεγμονή, σπειραματική βλάβη και ίνωση των νεφρών. Η ιπτακοπάνη αναστέλλει επιλεκτικά την υπερενεργοποίηση της εναλλακτικής οδού, αναστέλλοντας τη δραστηριότητα της C3 κονβερτάσης που σχετίζεται με την εναλλακτική οδό, οδηγώντας σε μειωμένη διάσπαση του C3 και μειωμένη εναπόθεση του C3 στους νεφρούς.